À l’origine entourée en quasi-totalité par le cimetière, l’église, qui date du Moyen Âge, a subi au fil des siècles des dommages résultant des effets du temps et des conflits. L’architecture de l’édifice actuel est l’aboutissement de plusieurs campagnes de travaux : ainsi la nef a d’abord été restaurée au début du XVIe siècle, le choeur détruit pendant les guerres de Religion a été reconstruit au début du XVIIe siècle et l’édification d’un beffroi à la place de l’actuel clocher date de la fin du XVIIle siècle. C’est le comte Léopold du Faur de Pibrac, propriétaire du château des Frélats, qui est à l’origine de la restauration de l’édifice, au cours de la seconde moitié du XIXe siècle. Les travaux, qui vont donner à l’église son apparence actuelle, portent sur la toiture, le clocher, l’auvent, et le porche. Ils concernent aussi l’aménagement intérieur, avec la pose de boiseries et de tableaux dans le choeur, ainsi que la commande des vitraux de la nef, notamment celui qui représente sainte Germaine de Pibrac.
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